Původní gotický kostel byl v letech 1574–76 rozšířen stavitelem Janem Vlachem. V roce 1776 přibyla barokní cibulová báň. V interiéru vyniká freska z r. 1568 od Tobiáše Else představující Viléma z Rožmberka s manželkami Kateřinou a Žofií. Původní zařízení se nedochovalo, stávající pochází z r. 1835. Před vybudováním Schwarzenberské hrobky byly v kostelíku uloženy ostatky příslušníků rodu Schwarzenberků. Kostel sv. Jiljí je výraznou dominantou třeboňského náměstí.
V revolučním roce 1848 zde došlo k dosud neobjasněné krádeži, kdy v noci z 5. na 6. listopad odsud zmizelo nejen množství cenných bohoslužebných předmětů, ale i dva přetěžké zvony ze 17. stol. Vypráví se, že lupiči uprchli do Ameriky, tam se „pochlubili“ krajanovi a ten po návratu do vlasti přiměl Schwarzenberský úřad kopat v okolí kostela, tam měly být zvony prý zakopány. Všechna snaha ale byla marná, po zvonech jako by se slehla zem…
Zdroj: Soukup a David